Mặc dù có thực tài, lập được nhiều công lao, nhưng mỗi lần Lê Chất được trọng thưởng là mỗi lần ông bị kèn cựa, xoi mói. "Đại Nam chính biên liệt truyện" có chép chuyện ông bị phe phái của tướng Đặng Trần Thường buông lời gièm pha, đến nỗi vua Gia Long đem vụ việc ra cho triều thần bàn nghị là một ví dụ.

Nhưng đại họa - vụ án do Minh Mạng thi hành đối với ông - chỉ xảy đến sau khi ông mất đã 10 năm[21].

Và có lời bình:

Quan quân bình xong giặc Lê Văn Khôi rồi vua Thánh Tổ sai phá thành Phiên An đi, xây lại chỗ khác và ngài xuống chiếu định truy tội Lê Văn Duyệt và tội Lê Chất. Cứ bình tĩnh mà xét, thì chẳng qua là vua Thánh Tổ vốn có ý không ưa hai ông ấy, rồi đình thần lại nhân đó mà bới việc ra để chiều ý ngài, cho nên thành ra hai cái án thật là không đáng.[22]

Sau này, nhà văn Phan Khôi khi đến viếng mộ Lê Chất, có làm một bài thơ cảm hoài sau[23]:

Viếng mộ ông Lê ChấtBình Tây trấn Bắc sử nghìn thu,Ấy cỏ mờ rêu đất một u.Ấy dũng ấy trung là thế thế!Mà ân mà nghĩa ở mô mô?Chim gào hờn sót xuân ầm ỹ;Hùm thét oai lưa gió vụt vù,Cái chuyện anh hùng ai nhắc nữa,Hồ Tây văng vẳng tiếng chuông bu!(báo Thực Nghiệp, 1921)

Sử gia Phạm Văn Sơn có lời đánh giá về vụ án Lê Chất (cũng như Lê Văn Duyệt)[24]:

Một điều đáng làm cho người ta tức cười ngày nay về hai bản án trên đây là khi Lê Văn Duyệt và Lê Chất còn sống, từ vua đến quan không ai dám hé răng nửa lời để kể tội. Các tội đều đáng chém, đáng chặt cổ bêu đầu hay xẻo thịt làm trăm mảnh. Nay kẻ phạm tội chết cả rồi, vua tội mới họp nhau mà kết án ầm ĩ. Làm tội một nắm xương tàn, xiềng xích mồ mả, tạc bia sỉ nhục, những hành động này chỉ là một trò cười đối với hậu thế. Sự thực Lê Văn Duyệt cũng như Lê Chất chỉ là những kẻ ỷ mình lập được nhiều công trạng nên đã có một vài cử chỉ quá trớn. Không dối dân, không hại nước, không phản vua mà họ bị buộc những tội tày trời như trên thì thực là một sự cố ý về đám vua quan bất minh, hẹp lượng và bạc bẽo. Bao nhiêu vụ loạn xảy ra từ Nam đến Bắc cũng do Minh Mạng và đám đình thần có quá nhiều sở đoản.